Le gouvernement veut économiser 2 milliards d’euros sur les arrêts de travail. 1 milliard grâce à une hausse des prélèvements d’impôt et de cotisations sociales prévue dans le projet de budget (lire ci-dessous) et l’autre via des mesures qui devront être déterminées par les partenaires sociaux. Leurs discussions débuteront jeudi 29 octobre et une solution devra être trouvée d’ici le 19 décembre.

Jean-Pierre Farandou, ministre du Travail, a notamment appelé à « réviser l’ensemble des paramètres de notre système dual d’indemnisation maladie (durée d’indemnisation, plafond d’indemnisation journalière, complément employeur, taux global de remplacement) », et à « réinterroger le niveau de couverture des différents risques maladie », au regard d’autres protections dont bénéficient certains salariés, comme la prévoyance. Avant d’en savoir plus sur ce qui va changer, voici comment sont indemnisés les arrêts de travail actuellement.

Les salariés du privé

Dans le secteur privé, dans le cas d’un arrêt « ordinaire » (sans lien avec une maladie professionnelle ou un accident du travail), l’Assurance maladie verse des indemnités journalières à partir du 4ᵉ jour d’arrêt (sauf exceptions). Elles représentent 50% du salaire journalier de base, dans la limite de 1,4 Smic. Cela signifie qu’elles ne peuvent pas dépasser 42,97 euros bruts pour les arrêts de travail prescrits depuis juillet 2026.

Plusieurs conditions à respecter : l’arrêt de travail doit être prescrit par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme de façon dématérialisée ou via un formulaire Cerfa sécurisé.

Par ailleurs, il faut avoir travaillé 150 heures sur la période des 3 mois qui précèdent l’arrêt ou avoir cotisé sur la base d’un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du Smic horaire au cours des 6 mois précédant l’arrêt, pour un arrêt de moins de 6 mois.

Si sa durée est plus importante, il faut être affilié à l’Assurance maladie depuis 12 mois et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois précédents ou avoir cotisé à un salaire au moins égal à 2 030 fois le Smic horaire. La durée d’indemnisation sera d’un an au maximum (3 ans si la maladie est liée à une affection longue durée exonérante).

Arrêts maladie de longue durée : durcissement des règles d’indemnisation

Maintien de salaire

Le Code du travail prévoit un maintien de salaire : l’employeur verse une indemnité qui complète les indemnités journalières, sous réserve de respecter certaines conditions (par exemple, avoir un an d’ancienneté, transmettre un certificat médical dans les 48h…). La durée du maintien de salaire et son montant dépendent de l’ancienneté dans l’entreprise.

Les conventions collectives ou les accords d’entreprise peuvent par ailleurs imposer des conditions plus intéressantes. Il est possible de rechercher les conditions propres à chaque convention collective sur le Code du travail numérique.

Dans le cas général, après un an d’arrêt maladie, le versement des indemnités s’arrête. D’autres dispositifs doivent alors être mis en place (adaptation du poste de travail, reprise à temps partiel thérapeutique, reconversion professionnelle, invalidité…), détaille l’Assurance maladie.

Les arrêts pour maladie professionnelle ou accident du travail

Si l’arrêt de travail est dû à une maladie professionnelle ou à un accident du travail, les conditions sont plus protectrices. Il n’y a pas de jours de carence avant le versement des indemnités journalières qui s’élèvent à 60% du salaire les 28 premiers jours d’arrêt, puis à 80% ensuite (sous réserve de ne pas dépasser certains seuils). Par ailleurs, l’indemnité complémentaire versée par l’employeur est plus importante.

Enfin, jusqu’à présent, les indemnités étaient versées jusqu’à la guérison ou la consolidation de la blessure. Pour les arrêts à compter du 1er janvier 2027, elles seront versées pendant 4 ans au maximum.

Dans le secteur public

Pour les fonctionnaires, les indemnités journalières sont versées par l’administration après un jour de carence à hauteur de 90% du revenu pendant les 3 premiers mois, puis 50% les 9 mois suivants. Il n’y a pas de conditions d’ancienneté.

Les contractuels doivent justifier de 4 mois d’ancienneté pour être indemnisés par l’administration. Dans le cas contraire, ils ne peuvent prétendre qu’aux indemnités journalières de l’Assurance maladie s’il y a droit (au titre d’une ancienne activité, par exemple).

À noter : que ce soit pour un salarié, un travailleur non salarié ou un agent de la fonction publique, les indemnités journalières et l’éventuel maintien de salaire peuvent être complétés par une indemnisation versée par une assurance prévoyance, souscrite par l’employeur via un contrat collectif, ou souscrite individuellement.

Le cas des travailleurs non salariés

Les artisans-commerçants ou les travailleurs exerçant une profession libérale peuvent aussi bénéficier d’indemnités journalières à hauteur de 50% de leur revenu annuel moyen (avec, là encore, des plafonds), à condition de justifier d’au moins 12 mois d’affiliation dans cette activité.

Les conditions, le calcul des indemnités, la durée maximale d’indemnisation et les plafonds en vigueur diffèrent toutefois selon les situations. L’Assurance maladie a prévu des fiches explicatives pour les professions libérales et les artisans commerçants.

La fiscalité des indemnités journalières

Les indemnités journalières versées par l’Assurance maladie sont soumises aux prélèvements sociaux : 0,5% au titre de la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) et 6,2% pour la contribution sociale généralisée (CSG).

Elles sont aussi intégrées aux revenus imposables, sauf exceptions. Celles qui sont versées pour des arrêts de travail en rapport avec une affection de longue durée (ALD) exonérante sont totalement exonérées d’impôt sur le revenu et celles qui sont liées à un accident de travail ou une maladie professionnelle en sont exonérées à 50%.

Des exonérations remises en question par le gouvernement dans le projet de budget pour faire 1 milliard d’euros d’économies. Ces mesures ont toutefois été supprimées par l’Assemblée nationale en première lecture.

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